La Fondation est administrée par un Conseil de fondation de six membres dont:

a) trois membres nommés par le Conseil fédéral;
b) trois membres nommés par le Conseil d'Etat du Canton de Genève.

La FIPOI est constituée des services suivants :

1) Service Développement Immobilier
2) Service Gestion Immobilière
3) Service des Conférences
4) Fonctions supports (Ressources Humaines, Finances, Juridique ainsi que Procesuss et Systèmes d'information)

La FIPOI trouve les fondements de sa gouvernance à travers les structures suivantes:

1) Commission technique
2) Commission financière
3) Commission conjointe

La FIPOI compte 70 collaboratrices et collaborateurs.